經顱多普勒儀在神經系統疾病中的作用尤為突出。對于中風患者，該儀器可以預測中風風險，并評估腦血管狀態。其無創、快速的特性使其成為中風急性期篩查和檢測的有效工具。
對于腦血管痙攣，尤其是動脈瘤破裂導致的腦血管痙攣，經顱多普勒提供了非侵入性的檢測方法。通過檢測，可以及時發現和干預，這對減少腦損傷并改善預后具有重要意義。
在心血管領域，經顱多普勒也發揮著重要作用。其能夠檢測心臟疾病患者潛在的腦血流變化，幫助醫生制定更加有效的治療方案。此外，對于產后女性，該儀器可以檢測產后腦血管并發癥，是發現產后心腦血管問題的有力保障。
除了神經和心血管領域，經顱多普勒在眼科、耳鼻喉科的研究中也有應用。眼科中，它用于檢測視網膜血流狀態，提高青光眼等疾病的早期發現的可能。耳鼻喉科則借助其評估椎基底動脈供血失常，與梅尼埃病檢測結合。
